Surveillance en temps réel de l'évolution du virus COVID-19

Pile d'ADN est une société de partage de données biomédicales basée à Toronto qui crée des logiciels pour accélérer les percées dans la recherche génétique et la médecine de précision. La société développe des normes et des technologies permettant aux scientifiques de trouver, d'accéder et d'analyser plus efficacement les volumes mondiaux en croissance exponentielle de données génomiques et biomédicales. La mission de DNAstack est d'améliorer la vie de millions de personnes en supprimant les obstacles au partage et à la découverte de données.

Le problème

Le COVID-19 a radicalement changé notre monde, et l'impact du virus se fera sentir pendant des années. Avec notre système de santé sous pression et le nombre de décès dans le monde qui continue d'augmenter, des solutions qui peuvent aider le Canada et le reste du monde à répondre aux défis continus de la pandémie sont nécessaires de toute urgence. Des variantes comme Omicron continuent d'émerger régulièrement et de se répandre rapidement. Comprendre l'empreinte génétique du virus en évolution est essentiel si nous voulons prévoir et gérer ces variantes et sauver des vies.

La solution COVID Cloud (IA virale)

Nuage COVID, dirigé par DNAstack, est une contribution canadienne majeure à ce travail qui sauve des vies. La plateforme technologique numérique, lancé commercialement en février 2022 sous le nom de Viral AI, rassemble d'énormes volumes de données, y compris des données génomiques, épidémiologiques et d'autres données essentielles à la réponse à la pandémie du monde entier, auxquelles les scientifiques peuvent ensuite accéder facilement et en toute sécurité. Équipés de ces informations, ils sont capables de séquencer, partager et analyser rapidement les variantes du SRAS-CoV-2, ainsi que de surveiller les schémas de transmission, les taux de mutation et l'endroit du génome où le virus mute, ce qui est important pour le développement de vaccins et de cibles médicamenteuses. . Les experts en immunologie, les professionnels de la santé et les décideurs peuvent ensuite utiliser ces connaissances vitales pour éclairer leur développement de diagnostics, de thérapies, de vaccins et de politiques de santé publique.

L'IA virale est au centre de la réponse du Canada à la pandémie. La solution logicielle de bout en bout libère des informations sur le COVID-19 à partir de la génomique et d'autres données en temps réel, mettant ces résultats à la disposition des chercheurs et des décideurs du monde entier. La plateforme est rapidement devenue un élément fondamental pour deux organisations au Canada. Le gouvernement de l'Ontario utilise l'IA virale pour soutenir l'analyse et la prise de décision en temps réel concernant la COVID-19 et ses variantes en Ontario et dans le monde. Le Réseau canadien de génomique COVID-19 (CanCOGeN), un consortium d'autorités de santé publique fédérales, provinciales et régionales canadiennes et de partenaires de soins de santé dirigé par Génome Canada, s'appuie sur la plateforme pour aider à partager les données de séquence virale avec les chercheurs canadiens, alimentant leurs connaissances sur la virus dans le contexte de la santé humaine.

Le projet COVID Cloud rassemble l'expertise canadienne dans plusieurs domaines, du génie logiciel, de l'intelligence artificielle et de l'informatique en nuage, à la science du génome et à la virologie, en passant par le développement pharmaceutique. Les membres du consortium comprennent Microsoft, Roche Canada, BioSymetrics, Mannin Research, FACIT, Genome British Columbia, Ontario Genomics, l'Institut ontarien de recherche sur le cancer, le Sunnybrook Health Resources Centre, le Vector Institute et le Centre of Genomics Policy de l'Université McMaster.

« C'était étonnant de voir combien de partenaires partout au Canada se sont mobilisés et se sont ralliés à cette vision commune. Notre pays a tellement de talents – en IA, en médecine génomique et en politique. Ce qui est si spécial avec la Supergrappe, c'est qu'elle nous permet de créer des consortiums de classe mondiale et d'évoluer rapidement d'une manière qui n'a jamais été faite auparavant.

– Dr Marc Fiume, PDG de DNAstack

Résultats mesurables

L'IA virale fait progresser l'avantage numérique du Canada en mettant en valeur notre recherche de classe mondiale en génomique. Le Canada possède une quantité et une gamme immenses de talents scientifiques, soutenus par un écosystème d'innovation numérique florissant. Les partenariats stratégiques et les relations avec les clients qui ont été formés grâce au projet COVID Cloud illustrent l'importance de cet écosystème, rassemblant des personnes pour collaborer et créer des solutions meilleures et plus rapides que jamais.

Le projet COVID Cloud a également aidé à placer le Canada et DNAstack sur la scène mondiale en tant que leader de confiance dans le partage et la diffusion sécurisés de données. Le partage d'informations génomiques et biomédicales sur un réseau mondial basé sur le cloud, tout en respectant les normes les plus élevées de l'industrie en matière de confidentialité des données, a amélioré les connaissances mondiales à une vitesse et à une échelle qui ne seraient pas possibles autrement. Grâce à cette plate-forme, les diagnostics, les traitements et les décisions politiques gouvernementales concernant les confinements et les éléments qui ont un impact sur les citoyens peuvent être fournis en temps opportun et en fonction des données.

Pour DNAstack, l'investissement du Digital Technology Supercluster l'a aidé à évoluer rapidement et durablement, atteignant la maturité du produit en quelques mois plutôt qu'en plusieurs années. Le modèle de collaboration et de co-investissement du Supercluster a permis à DNAstack de construire un consortium de classe mondiale partageant une vision commune pour accélérer les découvertes en médecine génomique. Cela comprenait des membres et des connexions stratégiques du secteur public, du gouvernement et du milieu universitaire.

DNAstack continue de croître et de s'appuyer sur son succès. Depuis qu'il a rejoint la supergrappe numérique, DNAstack a triplé en taille et en revenus, et la visibilité et la validation des produits qu'ils obtiennent les ont aidés à attirer des investissements et des partenariats qui les mèneront à travers cette prochaine phase de leur croissance. Ils ont récemment conclu un partenariat mondial avec l'Alliance mondiale pour la génomique et la santé, suscitant un nouvel intérêt sur le marché européen.

DNAstack profite du projet COVID Cloud pour explorer de nouveaux diagnostics et traitements pour les cas graves de COVID-19. Ils ont également utilisé la technologie pour créer le Initiative de partage de l'autisme— le premier réseau mondial fédéré de partage de données génomiques et cliniques pour accélérer les découvertes et le développement de thérapies de précision dans l'autisme.